Mudança no padrão de vírus respiratórios identificados em uma população pediátrica hospitalizada durante os anos de 2019 e 2020 / Change in the pattern of respiratory viruses identified in a pediatric population hospitalized during the years of 2019 and 2020

Introdução: de destaque como agente etiológico em várias doenças respiratórias, os vírus, tem grande importância dentro da Pneumologia Pediátrica. Objetivo: estudar os vírus identificados de secreções respiratórias de pacientes pediátricos, hospitalizados na enfermaria e UTI pediátrica, durante o período de janeiro de 2019 a dezembro de 2020. Metodologia: levantamento de resultados do RT-PCR (reação da transcriptase reversa seguida pela reação em cadeia da polimerase) de secreções respiratórias de pacientes pediátricos, através do GAL (Gerenciamento de Análises Laboratoriais) aplicando os filtros necessários para selecionar os pacientes da instituição e o período estipulado. Resultados: Foram realizadas 30 coletas em 2019 e 196 em 2020 de secreções respiratórias devido ao quadro de Síndrome Respiratória. As amostras coletadas em 2019 foram positivas para vírus em 56,7% dos casos investigados, sendo 6,7% para Influenza e 50% para Vírus Sincicial Respiratório (VSR), enquanto que em 2020 as amostras foram positivas em 21,4% dos casos, sendo todos eles para SARS-CoV-2. O período do ano com maior número de coletas de secreção foi em maio e junho considerando o ano de 2019 (60% das coletas de 2019), e julho, agosto e dezembro considerando o ano de 2020 (42,8% das coletas de 2020), com uma positividade de 77,7% (2019) e 25% (2020) para os vírus solicitados para pesquisa. Conclusão: Pôde-se perceber uma importante mudança no perfil dos vírus identificados dos quadros respiratórios entre 2019 e 2020, comparáveis ao perfil apresentado pelos Boletins Epidemiológicos do Ministério da Saúde, principalmente no ano de 2020 com o surgimento do novo coronavírus e sua pandemia. A etiologia viral presente na grande maioria dos quadros respiratórios da pediatria, deve sempre ser valorizada e os testes de identificação viral são ferramentas de grande aplicabilidade na clínica.

Introduction: highlighted as an etiological agent in several respiratory diseases, viruses, has great importance in Pediatric Pulmonology. Objective: study the viruses identified from respiratory secretions of pediatric patients hospitalized in the pediatric ward and ICU, during the period from January 2019 to December 2020. Methodology: survey of results of the RT-PCR (reverse transcriptase reaction followed by polymerase chain reaction) of respiratory secretions of pediatric patients, through the LAM (Laboratory Analysis Management) applying the necessary filters to select the patients of the institution and the stipulated period. Results: Thirty collections were performed in 2019 and 196 in 2020 for respiratory secretions due to the Respiratory Syndrome. The samples collected in 2019 were positive for viruses in 56.7% of the investigated cases, with 6.7% for Influenza and 50% for Respiratory Syncytial Virus (RSV), while in 2020 the samples were positive in 21.4% of the cases, all of which were for SARS-Cov-2. The period of the year with the highest number of secretion collections was in May and June considering 2019 (60% of 2019 collections), and July, August and December considering 2020 (42.8% of 2020 collections), with a positivity of 77.7% (2019) and 25% (2020) for viruses requested for research. Conclusion: It was possible to notice an important change in the profile of the viruses identified in respiratory conditions between 2019 and 2020, comparable to the profile presented by the Epidemiological Bulletins of the Ministry of Health, especially in the year 2020 with the emergence of the new coronavirus and its pandemic. The viral etiology present in the vast majority of pediatric respiratory conditions should always be valued and viral identification tests are tools of great applicability in the clinic.

Comparison of Luminex NxTAG Respiratory Pathogen Panel and xTAG Respiratory Viral Panel FAST Version 2 for the Detection of Respiratory Viruses

Owing to advancements in molecular diagnostics, recent years have seen an increasing number of laboratories adopting respiratory viral panels to detect respiratory pathogens. In December 2015, the NxTAG respiratory pathogen panel (NxTAG RPP) was approved by the United States Food and Drug Administration. We compared the clinical performance of this new assay with that of the xTAG respiratory viral panel (xTAG RVP) FAST v2 using 142 clinical samples and 12 external quality assessment samples. Discordant results were resolved by using a laboratory-developed respiratory viral panel. The NxTAG RPP achieved 100% concordant negative results and 86.6% concordant positive results. It detected one coronavirus 229E and eight influenza A/H3N2 viruses that were missed by the xTAG RVP FAST v2. On the other hand, the NxTAG RPP missed one enterovirus/rhinovirus and one metapneumovirus that were detected by FAST v2. Both panels correctly identified all the pathogens in the 12 external quality assessment samples. Overall, the NxTAG RPP demonstrated good diagnostic performance. Of note, it was better able to subtype the influenza A/H3N2 viruses compared with the xTAG RVP FAST v2.

Caracterización de la enfermedad respiratoria baja en pacientes menores de 5 años, hospitalizados en un centro de 3º nivel / Characterization of low respiratory disease in patients under 5 years old, hospitalized in a center of 3º level / Caracterização da doença respiratória baixa em pacientes menores de 5 anos, hospitalizados em centro de 3 níveis

Introducción: Caracterizar la enfermedad respiratoria baja en pacientes hospitalizados basados en el panel viral, como parte del programa de vigilancia epidemiológica en Bogotá, Colombia. Población y métodos: Trabajo retrospectivo transversal entre enero de 2010 y junio de 2011 en un hospital de tercer nivel, involucrando menores de 5 años, mediante inmunofluorescencia indirecta en aspirado nasofaríngeo para virus sincitial respiratorio (VSR), parainfluenza 1, 2, 3, influenza A, B y adenovirus. Resultados: Se obtuvieron 1063 casos, encontrándose un mayor número en el primer semestre del segundo año (145%). Los meses de mayor afectación fueron abril y mayo, siendo los hombres los más afectados. El promedio de edad fue de 8,18 meses; los menores de 1 año representaron el 75% de los casos y los menores de 2 años el 93%. En el 67% de los eventos no se aisló ninguno de los virus estudiados y en el 28% el VSR. El promedio de estancia hospitalaria fue de 7,11 días, siendo mayor para el VSR que para los otros virus o resultado negativo. El 51% recibió antibióticos. Conclusiones: Resultados similares a los descritos en la literatura pero analizados a la altura de Bogotá y en una comunidad de condición socioeconómica baja.

Introduction: Characterization of lower respiratory disease in hospitalized patients based on the viral panel as part of epidemiological surveillance program in Bogota, Colombia. Population and methods: Transversal retrospective study between January 2010 and June 2011 from a tertiary level hospital was developed with children younger than 5 years old. Indirect immunofluorescence in nasopharyngeal aspirate for respiratory syncytial virus (RSV), parainfluenza 1, 2, 3; influenza A, B and adenoviruses were analyzed. Results: 1063 cases were obtained, finding a greater number of cases in the first half of year (145%). The months with higher affectation were April and May, men being the most affected. The average age was 8.18 months; children under 1 year old accounted for 75% of cases and children under 2 years old 93%. In 67% of the events none of the studied virus was isolated and in 28% RSV. The average hospital stay was 7.11 days, being greater for RSV than for other viruses or negative. 51% received antibiotics. Conclusion: The results were similar to those described in the literature but analyzed at the height of Bogota and in a community of low socio-economic status.

Introdução: Caracterização da doença respiratória inferior em pacientes hospitalizados com base no painel viral como parte do programa de vigilância epidemiológica em Bogotá, Colômbia. População e métodos: Estudo transversal retrospectivo entre jeiro de 2010 e junho de 2011 de um hospital de nível terciário foi desenvolvido com crianças menores de 5 anos. Imunofluorescência indireta em aspirado nasofaríngeo para o vírus respiratório sincitial (VSR), parainfluenza 1, 2, 3; Influenza A, B e adenovírus foram analisados. Resultados: Foram obtidos 1063 casos, encontrando-se um maior número de casos na primeira metade do ano (145%). Os meses com maior afetação foram abril e maio, sendo os homens os mais afetados. A média de idade foi de 8,18 meses; Crianças menores de 1 ano representaram 75% dos casos e crianças menores de 2 anos 93%. Em 67% dos eventos nenhum dos vírus estudados foi isolado e em 28% RSV. A média de internação hospitalar foi de 7,11 dias, sendo maior para RSV do que para outros vírus ou negativos. 51% receberam antibióticos. Conclusão: Os resultados foram semelhantes aos descritos na literatura, mas analisados na altura de Bogotá e em uma comunidade de baixo status socioeconômico.